前期解决完利用gcc6.3重新安装rifdock，解决完rifgen运行时“FAILED ASSERTION:resname(ala_rot_) == "ALA"EXIT“的报错信息。
最近在运行rifdock时，经常运行到如下步骤出错，
rifdock: get_onebody_rotamer_energies
会出现segmentation fault（core dumped）的报错，刚开始以为是系统的问题，重试了多次运行，都会出现同样的报错。
以为是gmp、mpc和mpfr的版本问题，为此用较新的版本，重新安装，并重新安装gcc6.3
基于gcc6.3重新安装了个cmake
再次运行，依然出现同样的报错，用gdb查看core文件，会换着出现如下报错信息：
Program terminated with signal SIGABRT，Segmentation fault
Program terminated with signal SIGSEGV，Segmentation fault
此时心态有些不好了，放置了2天，在阅读rifdock的介绍时“Legacy — rif 0.1.dev0 documentation（https://rif.readthedocs.io/en/devel/legacy.html#legacydocs）”，恍然意识到可能rosetta安装时，没有完全按照rifdock的要求，为此重新看了一遍https://github.com/rifdock/rifdock，如下所示，rosetta3.9安装时，由于source目录下没有ninja_build，有ninja_build.py，当时不确定对后期的影响，就直接编译安装了rosetta，没有按照说明进行
cd rosetta/main/source
# git checkout bcov/stable1 # If you have git access, otherwise use Rosetta 3.9
CXX=/my/g++/version CC=/my/gcc/version ./ninja_build cxx11_omp -t rosetta_scripts -remake
为此参考https://rif.readthedocs.io/en/devel/legacy.html#legacydocs的说明，重新编译安装rosetta
cd <path_to_rosetta>/source/cmake
python make_project.py all
cd build_cxx11_omp
CXX=/my/g++/version CC=/my/gcc/version cmake .
make -j <num_processors>
运行结束后，发现~/main/source/cmake/build_cxx11_omp目录生成很多文件，如下截图所示，不单单是CMakeLists.txt文件：
rosetta安装后的目录
看了一下~/main/soure/bin 的命令都是链接到build_cxx11_omp目录，为此参考https://github.com/rifdock/rifdock说明重新安装rifdock，成功编译安装。用实际数据测试，未在rifdock: get_onebody_rotamer_energies出错，这步的输出信息如下：
rifdock: get_onebody_rotamer_energies compute_onebody_rotamer_energies 52/388 19.2308% 44.2308% 36.5385% 38.4615% 5.76923% 50% 34.6154% 15.3846% 7.69231% 3.84615% 42.3077% 13.4615% 26.9231% 21.1538% 11.5385% 51.9231% 55.7692% 57.6923% 59.6154% 63.4615% 69.2308% 71.1538% 75% 76.9231% 78.8462% 82.6923% 84.6154% 88.4615% 90.3846% 92.3077% 96.1538% 98.0769% 100% compute_onebody_rotamer_energies_DONE
网友评论