R语言小作业-中级

作者: mayoneday | 来源:发表于2019-07-23 19:37 被阅读20次

    首先需要完成R语言练习题-初级,在[link]http://www.bio-info-trainee.com/3793.html

    作业 1
    请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol)

    ENSG00000000003.13
    ENSG00000000005.5
    ENSG00000000419.11
    ENSG00000000457.12
    ENSG00000000460.15
    ENSG00000000938.11
    

    提示:

    library(org.Hs.eg.db)
    g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL)
    g2e=toTable(org.Hs.egENSEMBL)
    

    作业 2

    根据R包hgu133a.db找到下面探针对应的基因名(symbol)

    1053_at
    117_at
    121_at
    1255_g_at
    1316_at
    1320_at
    1405_i_at
    1431_at
    1438_at
    1487_at
    1494_f_at
    1598_g_at
    160020_at
    1729_at
    177_at
    

    提示:

    library(hgu133a.db)
    ids=toTable(hgu133aSYMBOL)
    head(ids)
    

    作业 3

    找到R包CLL内置的数据集的表达矩阵里面的TP53基因的表达量,并且绘制在progres.-stable分组的boxplot图
    提示:

    suppressPackageStartupMessages(library(CLL))
    data(sCLLex)
    sCLLex
    exprSet=exprs(sCLLex) 
    library(hgu95av2.db)
    

    想想如何通过 ggpubr进行美化。

    作业 4

    找到BRCA1基因在TCGA数据库的乳腺癌数据集(Breast Invasive Carcinoma (TCGA, PanCancer Atlas))的表达情况

    提示:使用[link]http://www.cbioportal.org/index.do 定位数据集:[link]http://www.cbioportal.org/datasets

    作业 5

    找到TP53基因在TCGA数据库的乳腺癌数据集的表达量分组看其是否影响生存

    提示使用:[link]http://www.oncolnc.org/

    作业6

    下载数据集GSE17215的表达矩阵并且提取下面的基因画热图
    ACTR3B ANLN BAG1 BCL2 BIRC5 BLVRA CCNB1 CCNE1 CDC20 CDC6 CDCA1 CDH3 CENPF CEP55 CXXC5 EGFR ERBB2 ESR1 EXO1 FGFR4 FOXA1 FOXC1 GPR160 GRB7 KIF2C KNTC2 KRT14 KRT17 KRT5 MAPT MDM2 MELK MIA MKI67 MLPH MMP11 MYBL2 MYC NAT1 ORC6L PGR PHGDH PTTG1 RRM2 SFRP1 SLC39A6 TMEM45B TYMS UBE2C UBE2T
    提示:根据基因名拿到探针ID,缩小表达矩阵绘制热图,没有检查到的基因直接忽略即可。

    作业7

    下载数据集GSE24673的表达矩阵计算样本的相关性并且绘制热图,需要标记上样本分组信息

    作业8

    找到 GPL6244 platform of Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array 对应的R的bioconductor注释包,并且安装它!

    options()$repos
    options()$BioC_mirror 
    options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
    options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
    BiocManager::install("请输入自己找到的R包",ask = F,update = F)
    options()$repos
    options()$BioC_mirror
    

    作业9

    下载数据集GSE42872的表达矩阵,并且分别挑选出 所有样本的(平均表达量/sd/mad/)最大的探针,并且找到它们对应的基因。

    作业10

    下载数据集GSE42872的表达矩阵,并且根据分组使用limma做差异分析,得到差异结果矩阵

    本文作者:生信技能树团队

    相关文章

      网友评论

        本文标题:R语言小作业-中级

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/zazalctx.html