snp数据构建NJtree（phylip软件）

参考链接

SNP数据构建系统进化树 - 简书https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8

https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856

https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/13022301.html

一 安装phylip

conda install  -c bioconda phylip

二 下载vcf2phylip.py数据转换脚本

wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/v2.0.zip 

unzip v2.0.zip 

cd vcf2phylip-2.0/

转换数据，坑！样本名一定要少于10个字符

python /home/yangling/biosoft/vcf2phylip-master/vcf2phylip.py  -i infile.vcf 

三 使用phylip

phylip是一个交互式软件，如下图红色标注所示，一步一步往下走。

每一步输出的文件（outfille）都是下一步的输入文件，注意自己修改文件名，防止覆盖

图中all.LDfilter.min4.phy即vcf转换得到的phy文件。

图1  phylip第一步seqboot 图2 源自 https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8

在我这里把cat seqtool.par 换位phylip seqtool即可，后面也是，可能因为我是用conda安装的软件吧。

改天补用R建树，我有代码的，别忘了