1.疫苗本身的原因：市场上生物制品鱼龙混杂，价格参差不齐、无证经营较多等现象，有些劣质、假冒疫苗流入市场，疫苗病毒含毒量不足、毒株不纯，经营户贮存条件不好，路途运输没有保障，不仅造成免疫效果不佳，还会传播疾病。
2.母源抗体的原因：种鸡接种新城疫苗后，所产生的抗体由卵黄传给小鸡，因此小鸡体内含有母源抗体，可保护小鸡不受强毒攻略，但也可以中和疫苗，造成免疫失败。所以要制定合理的免疫程序，不要盲目照搬别人的免疫程序，造成免疫效果不好而发生非典型性新城疫。
3.首免、二免间隔的原因：小鸡免疫器官发育不完善，70日龄后鸡的免疫器官才能发展成熟，因此小鸡所表现的免疫答应没有成鸡效果好，首免产生的抗体维持时间短、保护率低，如果二免间隔时间长会造成感染、免疫失败。
4.免疫程序的原因：小鸡接种疫苗，先后顺序及间隔时间会对免疫力产生一定影响，多种疫苗同时接种或相近时间接种，会岀现互相干扰和拮抗，有的鸡场为省时、省力，盲目联合应用疫苗，往往导致免疫失败。如法氏囊病毒对新城疫病毒有干扰作用，会影响新城疫的免疫效果！
5.免疫途径的原因：有的养鸡场为省事，首免将点眼、点鼻改为饮水免疫，又不肌注新城疫灭活苗，直接影响基础免疫的确实性，导致非典型性新城疫的发生。
6.疫苗使用不当的原因：有的养鸡户盲目加大疫苗的剂量，饮水量达8-10倍，极易造成免疫麻痹、严重的疫苗反应，有的点鼻点眼过快，未等疫苗吸入就放鸡，饮水免疫控水不当、计算不准确，造成抢水很多没喝到就没了和不能在短时间喝完，半天都还有疫苗水，肌注免疫因计算不标准，或过多或过小都会影响免疫效果。
7.疫苗瓶及剩余疫苗的原因：空疫苗瓶（活疫苗）乱丢，剩下的疫苗乱倒在鸡场，造成残留的疫苗活毒在自己的鸡场返强，造成免疫失败，引起鸡群发病。
8.环境、饲养管理的原因：高温、高湿、寒冷、饲养密度大、通风不良、饥饿、缺水、断喙、转栏等等应激均会造成机体免疫力下降，此时接种疫苗，免疫答应九下降，影响免疫效果。
9.乱用药物的原因：免疫抗体是由B淋巴细胞产生，氯霉素、氨基甘糖磺胺类等等药物对白细胞和淋巴细胞都有破坏作用，长期、过量使用会影响免疫效果。
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