Ubuntu linux 安装 rdkit

在Ubuntu下RDkit 的安装

1.到官网http://www.rdkit.org/下载 .tgz包。

或者 在github下载 https://github.com/rdkit/rdkit/archive/refs/tags/Release_2021_03_5.tar.gz

2.解压后放到一个目录下：我的在/home/root/rdkit中

tar -xzvf rdkit.tar.gz

3. 安装依赖

apt-get install mpi-default-dev libicu-dev python-dev libbz2-dev libboost-all-dev build-essential autotools-dev python-dev build-essential cmake flex bison sqlite3 python_numpy
boost-python boost-thread boost-regex tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

4.安装boost包， 下载boost

https://www.boost.org/users/history/version_1_77_0.html

image.png

wget https://boostorg.jfrog.io/ui/native/main/release/1.77.0/source/boost_1_77_0.tar.gz

解压

tar  -xzvf  boost_1_77_0.tar.gz 

安装

./bootstrap.sh
./b2 install

5安装rdkit依赖

前提 安装的有python3.6+ pip

apt-get install cmake 
pip install numpy 
pip install Pillow
apt-get install python-dev 
apt-get install sqlite3

6.将rdkit 复制解压到 /usr/local/rdkit

7.设置环境变量，在/etc/profile 或~/.bashrc 中 。写入：

export RDBASE=/usr/local/rdkit
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib

8.编译并安装，测试，在终端输入：

cd /usr/local/rdkit   (cd $RDBASE)
mkdir build
cd build
cmake ..   (注意“..”)
make -j14
make install
ctest

9.测试案例：把化学分子的smiles转换为分子结构。

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):  

    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)

    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'

    mol_name = mol_name + '.jpg'

    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

if __name__ == '__main__':

    depict_pic(mol_name = 'test')

在python运行，如果有分子图片产生，说明RDkit安装成功。

image.png