预印 | bioBakery 3对不同微生物群进性分类，功能，株

文献信息

标题：Integrating taxonomic, functional, and strain-level profiling of diverse microbial communities with bioBakery 3
中文：bioBakery 3对不同微生物群进性分类，功能，株水平分析

摘要

在过去的十年中，非培养微生物群落的分析取得了显着进展，特别是由于通过shot-gun宏基因组学进行生物谱分析的方法取得了进步。随着更多的人获得多组学，微生物参考基因组和菌株水平的多样性，改进的机会继续加速。为了利用这些，我们介绍了bioBakery 3，这是一套综合的，改进的方法，用于新开发的基因组的分类学，菌株水平，功能和系统发育分析，以目前可用的最大参考序列为基础。与当前的替代品相比，MetaPhlAn 3可提高分类学分析的准确性，而HUMAnN 3可提高功能潜力和活性。这些方法在CRC（1,262个元基因组）和IBD（1,635个基因组和817个转录组）的应用中检测到了新型的疾病-微生物组联系。用StrainPhlAn 3和PanPhlAn 3进行的另外4,077个基因组的菌株水平分析揭示了普通肠道微生物Ruminococcus bromii的系统发生和功能结构，以前仅由15个分离基因组描述过。借助开源实施和可在云中部署的可重现工作流程，bioBakery 3平台可帮助研究人员加深用于微生物群落研究的多组学分析的分辨率，规模和准确性。

bioBakery workflows

https://github.com/biobakery/biobakery

作者想发Pipline文章，创新性不大