今天重读了一遍SMART-seq2的原理，发现自己之前对于template switching的反应过程的理解似乎并不合适，因此便想把自己对于模板转换反应机制的理解写下来，以便和大家交流一下。
基本上所有看起来高大上的技术都是建立在许多不怎么高大上的技术之上的，例如SMART-seq2扩增全长Cdna应该在SMART（switching mechanism at the 5' end of the RNA transcript）技术的基础上进一步发展实现的，当然并不否认SMART-seq的发现团队还是做了很多其他改进的。由于本文只关注SMART-seq2建库过程中的模板转换反应，因此这里首先从SMART技术谈起。
简单来说，SMART技术主要利用了一种逆转录酶（Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase，莫罗尼小鼠白血病病毒逆转录酶MMLV-RT）的两个特性：
1、首先这种逆转录酶在合成到Cdna的3’端，也就是对应的Mrna的5’端的时候会随机的引入几个不依赖于模板的碱基，多数情况下是三个胞嘧啶，有点像是画蛇添足地样子，但是却给科学家们带来了便利。利用这个特点，我们可以通过设计一种template switching oligo（TSO）帮助逆转录酶完成模板转换（从模板Mrna转化为TSO）继续进行Cdna的合成，而后用RNA酶消化掉RNA只剩下Cdna进行与预扩增。
2、当然最重要的还是以RNA为模板合成DNA的逆转录酶活性了。
下图是我自己画的模板转换反应的基本过程：
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