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2016-02-24 11:44:00

awk行号相关的操作,个人认为写的非常好
转自：http://www.plob.org/2011/03/18/97.html

一. 行距：
1. 每行间加一个空行

1 awk '1; { print "" }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #输出当前行，在输出一个空行

2 awk '1 { print } { print "" }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;">

3 awk '{ print } { print "" }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

2. 1的另外一种实现方法：

1 awk 'BEGIN { ORS="\n\n" }; 1' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #预先设置每一行的分隔符号为两个换行；你可以尝试把ORS设置为其他的看看效果如何

3. 仅输出非空行，并每行间在加一个空行

1 awk 'NF { print 0表示当前行，最后再加一个换行

4. 双倍行距；没行间两个空行

1 awk '1; { print "\n" }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext　　　　　#默认输出后会换行的，输出\n，则会输出两个空白行

等同于：

1 awk '{ print; print "\n" }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

5. 显示当前行在所在文件中的行号

1 awk '{ print FNR "\t" $0 }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #FNR，表示当前行在文件中的行号

6. 显示当前行在本次处理过程中的行号

1 awk '{ print NR "\t" $0 }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #NR，表示当前行在本次处理过程中的行号

小疑问：为啥有FNR和NR的差别呢？效果不都是一样么？　如果你给如：filname1.ext filname2.ext，你就会看到差别了。原来：FNR，是每个文件中的，换了一个文件，会归零；而NR则每个文件会累加起来的

7. 使用简单样式来输出

1 awk '{ printf("] : %s\n", NR, $0) }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #行号占用5位，不足补空格

8. 显示非空行

1 awk 'NF { 0 }; { print }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;">

2 #NF前面说了，表示当前行的行号，此处用他作为条件，如果是空行，则NF为0，跳过；否则，用动态变量a存储非空行的数目

9. 计算行数：效果类似wc -l

1 awk 'END { print NR }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #END表示每行都处理完了后，在执行，此时NR就是最后一行的行号，也就是总的行数了。

10. 计算每一行的和

1 awk '{ s = 0; for (i = 1; i <= NF; i++) s = s+$i; print s }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

s用作每行和的累加，从1到NF(每行总的字段数)，依次累加

11. 计算文件中所有字段的和

1 awk '{ for (i = 1; i <= NF; i++) s = s+$i }; END { print s }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

2 #s用作总和的累加，每行都处理完成了，再输出s；注意和10对比，此处没有每行清零，所以累加了。没有设置的变量，默认为空，但是会根据上下文数值计算情况自动变为0

12. 将每个字段用其绝对值代替

1 awk '{ for (i = 1; i <= NF; i++) if (i = -$i; print }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

2 #0表示当前行，可以改变$i的值

13. 计算文件中总的字段和（例如计算单词数）

1 awk '{ total = total + NF }; END { print total }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

14. 计算匹配指定信息的总行数

1 awk '/Linux/ { n++ }; END { print n+0 }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

15. 找到文件中每行第一个字段中，最大的数，以及其所在的行

1 awk '1; maxline=$0 }; END { print max, maxline }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

2 #用max存储最大的数，maxline存储最大数所在的行，并在最后输出

16. 显示当前行的字段数，并输出当前行

1 awk '{ print NF ":" $0 } ' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

17. 显示每行最后一个字段的内容

1 awk '{ print NF，就是$3，也就是第三个字段了

18. 显示最后一行的最后一个字段

1 awk '{ field = $NF }; END { print field }' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext

2 #每行处理没有输出，尽在最后输出，field作为每行的最后一行的暂存变量

19. 显示字段数小于4的行

1 awk 'NF < 4' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #{}以外的内容，作为条件，没有{}，则默认输出当前行

20. 显示每行的最后一个字段小于4的行

1 awk '$NF < 4' <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> filname.ext <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> <wbr style="box-sizing: border-box;"> #注意和19对比

gff中统计基因的数量

$awk -F '\t' '{if($3=="gene") print }' GCA_008009225.1_AYv1.1_genomic.gff | wc -l

$awk -F '\t' '{if($3~"gene") print }' GCA_008009225.1_AYv1.1_genomic.gff | wc -l