Linux环境下的软件安装

什么是conda

软件下载器

下载

step 1：百度“miniconda 清华”
step 2：找到版本下载

uname -a #查看得知服务器是64位的
cd biosoft
wget #右键输入地址下载

下载版本.png
64位.png

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

遇到的问题：

• 安装了两次才安装成功

  
  安装.png

激活

遇到的问题：

• 一开始以为source ~/.bashrc是source ~bashrc或shource .bashrc都可以的意思，但是试了一下只有全写上才ok。

添加镜像

使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
（引用生信星球课程代码）

使用conda

下载软件fastqc和卸载

创建环境

遇到的问题

• 下载时不能同时下载fastqc和trimmomatic，需分开下。要不然就会导致建立不了rna-seq环境

conda info --envs

之后也不会显示rna-seq

• 前面显示fastqc已安装成功，但是后面输入

fastqc

时还是显示文件不存在
只好再安一次，再提取文件，就OK了。

完成.png