主要区别

1).MyISAM是非事务安全型的，而InnoDB是事务安全型的。
2).MyISAM锁的粒度是表级，而InnoDB支持行级锁定。
3).MyISAM支持全文类型索引，而InnoDB不支持全文索引。
4).MyISAM相对简单，所以在效率上要优于InnoDB，小型应用可以考虑使用MyISAM。
5).MyISAM表是保存成文件的形式，在跨平台的数据转移中使用MyISAM存储会省去不少的麻烦。
6).InnoDB表比MyISAM表更安全，可以在保证数据不会丢失的情况下，切换非事务表到事务表（alter table tablename type=innodb）。

应用场景

1).MyISAM管理非事务表。它提供高速存储和检索，以及全文搜索能力。如果应用中需要执行大量的SELECT查询，那么MyISAM是更好的选择。
2).InnoDB用于事务处理应用程序，具有众多特性，包括ACID事务支持。如果应用中需要执行大量的INSERT或UPDATE操作，则应该使用InnoDB，这样可以提高多用户并发操作的性能。

其他

MyISAM存储引擎的读锁和写锁是互斥的，读写操作是串行的。那么，一个进程请求某个MyISAM表的读锁，同时另一个进程也请求同一表的写锁，MySQL如何处理呢？答案是写进程先获得锁。不仅如此，即使读请求先到锁等待队列，写请求后到，写锁也会插到读锁请求之前！这是因为MySQL认为写请求一般比读请求要重要。这也正是MyISAM表不太适合于有大量更新操作和查询操作应用的原因，因为，大量的更新操作会造成查询操作很难获得读锁，从而可能永远阻塞。这种情况有时可能会变得非常糟糕！myisam是有读锁和写锁(2个锁都是表级别锁)。
MySQL表级锁有两种模式：表共享读锁（Table Read Lock）和表独占写锁（Table Write Lock）。什么意思呢，就是说对MyISAM表进行读操作时，它不会阻塞其他用户对同一表的读请求，但会阻塞 对同一表的写操作；而对MyISAM表的写操作，则会阻塞其他用户对同一表的读和写操作。
InnoDB行锁是通过给索引项加锁来实现的，即只有通过索引条件检索数据，InnoDB才使用行级锁，否则将使用表锁！行级锁在每次获取锁和释放锁的操作需要消耗比表锁更多的资源。在InnoDB两个事务发生死锁的时候，会计算出每个事务影响的行数，然后回滚行数少的那个事务。当锁定的场景中不涉及Innodb的时候，innodb是检测不到的。只能依靠锁定超时来解决。
数据库死锁例子：
两个sesison，第一个update表t1，不要提交。第二个update表t2，不要提交。接着session1去update表t2，session2去update表t1，此时就发生死锁了。