今天在R语言上栽了跟头。(哭
兴高采烈地把原来的BEDRRBS文件变成满足methylkit输入格式的txt格式文件 特意把后缀名去掉了昨天特意学习了sed gawk 等文件编辑工具,今天又从头做人学习如何将获取文件名并且去掉后缀输出到另外一个文件夹。
把文件传输到本地之后格式是这样。
本地文件起初疯狂报错。我用的是没有后缀的文件名。然后我加上了后缀txt,CpG.txt,还是不行。然后开始翻methykit帮助文档仔细阅读,尝试把myobj换成myobjDB,当然,还是不行。反复退出Rstudio,重进进入,重新设定当前工作路径,均失败。
然后我就以为是自己文件问题,还一个一个查看了文件的表头以及列信息等,确认无误。
一开始的R script事情的转机。
点击箭头原来在R studio中看这些文件是这样的,会自动加上后缀。恩。刚从linux中过来,有点不太习惯。
R studio中的文件名按照这个写文件名之后一切就work了。
希望自己以后可以冷静思考,少犯这种错误了嘤嘤嘤。
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