alamode的安装

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这里记录下安装alamode的过程，以便以后的继续使用(只叙述我安装的过程)，用的是ubuntu

1.依赖安装(编译器等)

1. Intel编译器集群并行版本安装
   包含了所需的C++ compiler，LAPACK library,MPI library (OpenMPI, MPICH2, IntelMPI, etc.),FFTW library库
   

   image.png
   这里按着提示安装，安装完之后写一下环境变量就行,环境变量如下(我这里装在了/home/zhangsan/intel1目录下)：

   # intel2020 
   source /home/zhangsan/intel1/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/compilervars.sh intel64
   source /home/zhangsan/intel1/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/ifortvars.sh intel64
   source /home/zhangsan/intel1/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/iccvars.sh intel64
   export LD_LIBRARY_PATH=/home/zhangsan/intel1/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/lib/intel64_lin:$LD_LIBRARY_PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/home/zhangsan/intel1/lib/intel64_lin:$LD_LIBRARY_PATH
   

   记得

   source .bashrc
   

2. Boost C++ library和 Eigen3 library
   这连个安装相同放在了一起

   • 比如你的用户家目录叫zhangsan，你的home目录等同于$(home) == /home/zhangsan
   • 那么新建/home/zhangsan/ect的目录把解压完的两个包放进去,
   • 然后再创建一个/home/zhangsan/include目录
   • 最后做个软链接

     $ ln -s /home/zhangsan/etc/boost_1_75_0/boost /home/zhangsan/include/boost
     $ ln -s /home/zhangsan/etc/eigen-3.3.9/Eigen /home/zhangsan/include/Eigen
     

3. spglib安装

   • 解压完后也放到/home/zhangsan/ect
   • 然后安装到/home/zhangsan/include/spblib目录下，命令如下：

     $ cd /home/zhangsan/etc/spglib
     $ mkdir build && cd build
     $ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="" ..
     $ make
     $ make DESTDIR=/home/zhangsan/include/spglib install
     

   • 添加进环境变量

     # spglib
     export LD_LIBRARY_PATH=/home/one/include/spglib/lib:$LD_LIBRARY_PATH
     

2.编译alamode

1. 先这个软件下下来，用git比较方便

   git clone https://github.com/ttadano/alamode.git
   

   然后解压后依旧放到/home/zhangsan/etc/吧，有中二强迫症。
2. 编译三个东西alm;anphon;tools
   • alm
     进入到/home/zhangsan/etc/alamode/alm目录,然后cp Makefile.linux Makefile
     然后修改Makefile的前几行，如下：

     CXX = icpc  #注意icpc有没有
     CXXFLAGS = -O2 -xHOST -qopenmp -std=c++11 # 注意是不是qopenmp
     INCLUDE = -I../include -I$(HOME)/include -I/home/zhangsan/include/spblib/include # 大力出奇迹直接给spblib的绝对路径
     
     CXXL = ${CXX}
     LDFLAGS = -mkl -L/home/zhangsan/include/spglib/lib -lsymspg # 大力出奇迹直接给spblib的绝对路径
     

     然后编译

     make -j
     

   • anphon
     进入到/home/zhangsan/etc/alamode/anphon目录,然后cp Makefile.linux Makefile
     然后修改Makefile的前几行，如下：

      MPICXX = mpiicpc #是不是mpiicpc
      CXXFLAGS = -O3 -xHOST -qopenmp -D_FE_BUBBLE -std=c++11 #是不是qopenmp 这里-D_FE_BUBBLE我看别人帖子上加的
      INCLUDE = -I../include -I/home/zhangsan/include -I/home/zhangsan/include/spglib/include -I/home/zhangsan/intel1/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/include -I/home/zhangsan/intel1/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/include/fftw #直接暴力给满
     
      LINKER = ${MPICXX}
      LDFLAGS = -mkl -L/home/zhangsan/include/spglib/lib -lsymspg #直接绝对路径
     

     然后编译

     make -j
     

   • tools

     #Intel compiler
     CXX = icpc #是不是icpc
     
     # OSX (gcc)
     #CXX = g++-9
     
     # OSX (clang)
     #CXX = g++
     
     # OSX
     #CXX = clang++
     
      CXXFLAGS = -O2 -std=c++11
     
     # Add the directory containing boost header files here
     INCLUDE = -I../include -I/home/zhangsan/include #直接绝对路径
     

     然后编译

     make -j
     

   • 安装完后环境变量中指定命令

     # alamode
     alias alm=/home/one/etc/alamode/alm/alm
     alias anphon=/home/one/etc/alamode/anphon/anphon
     

     记得

     source .bashrc
     

诡异问题

有些迷的地方是：我用两个alamode包编译alm编译成功anphon可能会失败，反之亦然，我的方法是直接把编译成功的拼凑起来，然后就是完整的了。