一、处理fq/fa数据的2个瑞士军刀
1、Seqtk（Li Heng）：（https://github.com/lh3/seqtk）
2、Seqkit（Shen Wei）：http://bioinf.shenwei.me/seqkit/#usage--examples
二、处理csv/tab-text文件的1个瑞士军刀
1、csvtk：http://bioinf.shenwei.me/csvtk/usage/#table-of-contents
2、csvkit： http://csvkit.readthedocs.io/en/1.0.3/
一、处理fq/fa数据的2个瑞士军刀 1、Seqtk（Li Heng）：（https://github.com/l...
seqtk是李恒编写的一款能够快速处理fa/fq文件处理的神器，不仅能处理文本格式还能直接处理gzip压缩后的fa...
刘小泽写于18.12.27参考biostar handbook以及Wei Shen的SeqKit（处理fa/fq领...
刘小泽写于19.1.11知识就是这样，越用越熟练，像awk、grep、sed等，用时间长了就有感觉了；另外所有我们...
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在...
作为生信入门训练，我们常用perl python等脚本语言实现对基因组文件的处理，练习常规的文本文件处理。最近再做...
统计和数据处理都离不开csv文件，一般来说，操作csv都是依赖第三方软件，如Excel、Matlab这样的；也可以...
perl fq_all2std.pl fa2std 1.fa > 1.fastq wheresifq_all2st...
想对 fasta 或者 fastq 文件进行操作，首先就应该想到的软件。我一般用 seqkit[https://b...
需要的数据文件：ref.fa test_1.fq test_2.fq 测序数据质控（具体方法另做总结），由原始测序...
本文标题：处理fa/fq/csv的几个瑞士军刀
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/zvdycftx.html
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