开场白就是一群特工，在旅店里追杀一女性，(墨菲斯及药丸，在模拟器游戏中还原成了现实生活)接着是不断地追逐逃亡。接着影片转场距焦到《黑客帝国》的游戏创始人托马斯(不善言笑，似乎有些呆板)的一系列生活轨迹。游戏崔妮蒂女主角，)托马斯沉迷在游戏那虚拟的现实世界中无法自治。
现实和末来可通过药丸来改变，穿越时空之门，攻击程序启动，与游戏中的敌人展开了搏斗与厮杀、又一次穿越回到了游戏之中，游戏中的场景甚是恢宏，从死亡回到了构想空间，游戏似乎改变了很多虚拟的东西，当托马斯在生活与游戏中无法自处时，游戏中的原有属性又把他拉回到游戏本体之中。
艾欧的游戏世界中，似乎充满了真实的存在。矩阵中有许多的噪音，当人类持续不变时，游戏还需要继续生存下去，里面也有着相同的规则，规则也是为了对游戏中的一切进行保护的一种手段。机器之间也为了能源短缺而进行战斗，托马斯似乎总能被游戏中的模拟生物人随时带入现实生活中，往返穿梭于时空之门。
史密斯与托马斯没有谈妥协议后，他又唤来了旧时的敌人流浪者。一场旧时的决斗又开始了，而这一切需要托马斯在电子游戏中进行。在最后的搏斗中总能唤起他的超能一击。
崔妮蒂与托马斯的拆分似乎是他的好友一手策划与操控的。托马斯又来到了仿真拿铁咖啡店里，以图唤醒崔妮蒂的意识。他们重逢了崔妮蒂的梦中意识，托马斯告诉她，这一切都是真实存在的。
当托马斯与崔妮蒂在城市中逃亡之时，所有的机器人峰群向他们发起了各种攻击似的毁灭杀伐追击。而这一切都是他的好友精心打造并设定的局，是为了禁稒他们的力量，为了拯救者而冲破禁制达到自由飞行的技能，他们打算重建新的世界。
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