流言
转基因作物违反自然规律，有机农业才好。并且有机农业不使用农药，所以是绝对安全的。
真相
这个流言是假的！转基因是把外源基因转入已有生物，从定义上来讲，确实是一种人为的生物学操作技术。但是，人类改变生物遗传背景已有一万多年的历史，所有农业品种都有人工干涉的痕迹，转基因并没有比其它农业技术更违反自然规律。有机农业也需要使用非化学合成农药，而有机农业使用农家肥的细菌病毒近年来已经造成了多起食品安全事故。
论证
转基因并非“违背自然”
转基因的意思是把外源基因转入已有生物，从定义上来讲，确实是一种人为的生物学操作技术。
但是，首先，人类改变生物遗传背景已有一万多年的历史，传统方法是杂交和对后代人工选择，这些育种方法造就了几乎所有农作物和家养动物品种。如果说转基因便是“违背自然”，那么传统方法中的畜养，杂交等技术，毫无疑问也是违背了自然规律的行为，但是却从没有人质疑过它们。因此拿“违背自然”来指责并反对转基因食品毫无意义。
其次，基因从本质上来说是一样的，没有所谓“番茄基因”或“细菌基因”，基因的改变也是自然界演化的基础，并非“违背自然”；另外，转基因作物在栽培过程中，往往少用农药或化肥，从这个角度考虑，反而更“有机”、更安全。
对有机农业的过分迷信
其实，有机农业往往避开三个问题：更贵、需要更多土地、更需人力操作。所以如果不推广更有效的耕作方式，全指望有机农业，必然导致粮食问题。粮食问题和普通人的生活相关，因为粮食安全会影响食品安全，也就是说，粮食的量不能保障，就没有足够的饲料，继而无法出产优质的蛋、奶。
另外，有机农作物本身没有它们宣传的那么“纯洁”，先不说有效的营养成分和传统食物相比没有什么特殊的，有机农业其实并非完全不使用农药，从定义上来说，有机农业可以使用生物农药，比如苏云金杆菌就是有机农业最常用的农药，这种杆菌通过合成bt蛋白来抗虫。转了bt蛋白的农作物，只不过是植物自己合成而已，作用本质是一样的。
而且据美国农业部和英国食品标准署指出，虽然有机农作物的农药残留量更少，但是有机和非有机的农药残留量其实都远远低于安全规范，也就是说实际上二者在这个指标方面没有本质区别。
有机农作物的种植过程使用“农家肥”，也就是人的粪便，粪便中有大肠杆菌，施用“农家肥”的有机农作物就存在让人感染的风险，比如2011年德国北部一有机农场生产的豆芽因为致病大肠杆菌污染，造成3593人感染，53人死亡；2013年6月，美国Townsend农场的美国农业部有机认证的冷冻有机抗氧化混合莓导致甲型肝炎流行，在10个州造成162人得甲肝。有些专家甚至建议，买来新鲜有机水果和蔬菜，要先用弱酸水仔细浸泡，而冷冻的有机莓类要煮熟了吃。
另外，有机农作物同样暴露在化学物质之中，因为植物也是特别专业的“化学武器制造厂”。并非不用农药（任由虫子吃）就完全无害。植物经过漫长的演化，真菌、细菌、虫害来袭的时候，自己也有防御机制，会合成出天然的杀虫剂，其致癌性一点也不比人工化合物低（语出自美国生化学家Bruce Ames）。
