RNA-seq标准分析,我们已经讲解的太多了,表达矩阵到差异分析等下游生物学注释都没有啥新颖之处,融合基因和可变剪...[作者空间]
前言 GATK是由Broad institute开发的用于变异检测(例如: SNP, Indel等)高通量测序数据...[作者空间]
刘小泽写于2018年,发送于2019.6.13相信你已经磨拳擦掌,想要自己分析一波原始的人类基因组数据,并自己挑出...[作者空间]
参考试论NGS数据的Duplication问题初步分析PCR duplication的情况仔细探究samtools...[作者空间]
1 先查看sam文件 随机选择3个 再看另外一个: 关于samtools mpileup的具体用法和结果解释请看 ...[作者空间]
一、转录组SNP/INDEL(RNAseq SNPs + Indels)的介绍 GATK官网介绍:RNAseq s...[作者空间]
ID转换?系统了解下ID ENSEMBL ID五部分组成:ENS(物种)(对象类型)(标识符).(版本)第一部分“...[作者空间]
一个基因包括很多信息,同时也包括很多的ID。比如最基本的gene id而言。其在不同数据库里面就包括不同的ID。比...[作者空间]
上一篇记录了mapping这一步的软件选择,也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤,这篇我主要想记录一下...[作者空间]
NGS原理图大全-计划涵盖大部分Genome-Transcriptome-Translatome-tRNA-smR...[作者空间]
bwa bowtie salmon 直接从fastq到达特异性表达矩阵 subread 备注:需要对应建索引的软件...[作者空间]
教程地址下载snpEff地址解压unzip snpEff_latest_core.zip我的路径是/home/ch...[作者空间]
[TOC] 0. 背景和准备 WES测序原理和过程 全外显子组测序-一*简介 实验流程 数据分析流程 标准信息分析...[作者空间]
但如果没条件的话,可以尝试利用现有的数据(比如:千人基因组项目,GIAB http://jimb.stanford...[作者空间]
本来下载数据用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面带的prefetch,本来实验室网速快还没啥问题,但...[作者空间]
放在最前面的参考链接:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 数据来源的文章: The landscap...[作者空间]
有很多的生信软件都可以通过conda安装,省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件,conda一行...[作者空间]
首先安装软件 先安装conda,使用清华的conda,说明书:https://mirrors.tuna.tsing...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"! tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF...[作者空间]
1. md5 检测数据是否下载完整 2. fastqc 质控 3. Trimmomatic 过滤低质量序列 4. ...[作者空间]