2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质...[作者空间]
拿到NGS全基因组下机序列以后肯定是Fastqc+Cutadapt+Trimmomatic去引物序列，匹配序列对原...[作者空间]
WGCNA基本概念 加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation networ...[作者空间]
RRA（Robust Rank Aggregation）是一种对排名进行整合，获得一个综合性排名列表的算法。这个方...[作者空间]
一、准备RNA-seq数据 需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件 检查fastq.gz是否完整...[作者空间]
一、 综合性肿瘤数据库 1、TCGA The Cancer Genome Atlas (TCGA)TCGA是由美国...[作者空间]
最近在编写全新的ATAC-seq流程，看到一个非常好的文献《From reads to insight: a hi...[作者空间]
分析范围实例详解一：发育调控 此次讲解的文章信息如下： Title：A novel microglial subs...[作者空间]
COUNT: 高通量测序中比对到exon上的reads数。 FPKM: Fragments Per Kilobas...[作者空间]
针对测序数据和芯片数据，目前常用差异分析的R包有edgeR、limma、DESeq2，做一简单比较，方便平时分析。...[作者空间]
数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancerg...[作者空间]
写在前面最近在做GSVA，做到我有点自闭，不是因为这个算法有多难，而是他所耗费的时间有点夸张。加上校园网这两天时不...[作者空间]
继续上一篇笔记，这一个视频讲的是对表达矩阵进行各种的探索，所以视频的名称就叫“了解你的表达矩阵”，视频地址是：ht...[作者空间]
刘小泽写于2020.4.15首先是ChIP-seq分析的前言介绍部分：1：了解ChIP-seq的实验流程2：继续了...[作者空间]
刘小泽写于2020.4.2之前写了：了解ChIP-seq的实验流程继续了解ChIP-seq上一篇是：关于ChIP-...[作者空间]
测序数据的质控和过滤 见上一篇论文 https://www.jianshu.com/p/0a8461b1ea7a ...[作者空间]
本章代码聚类分析是一种数据归约技术，旨在揭露一个数据集中观测值的子集。它可以把大量的观测 值归约为若干个类。这里的...[作者空间]
老大视频比较基因组在IGV 看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.html...[作者空间]
hisat2 -t -x ~/rna_seq_analysis/reference/index/hg19/geno...[作者空间]
之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完...[作者空间]
