前言 DNA 甲基化在许多细胞进程中扮演重要的角色，例如胚胎发育、基因印迹、X 染色体失活和维持染色体稳定性。 在...[作者空间]
FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen...[作者空间]
这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇： QC1:甲基化数据QC：使用甲基化数据...[作者空间]
样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 ...[作者空间]
最近在分析甲基化数据，发现ChAMP包的输入端是beta（甲基化数据）和pheno（表型数据），找不到校正协变量（...[作者空间]
参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化...[作者空间]
Tumors are often characterized by an imbalance in cytosin...[作者空间]
4.将差异甲基化位点拿来做批量生存分析 logrank test批量生存分析 这里和TCGA系列里的内容是一样的，...[作者空间]
火山图有误，已更新 前情提要 前面两个步骤已经完成了数据下载、探针过滤、数据质控、样本过滤。 此处需要补充两个知识...[作者空间]
在step1中，我们获得了TCGA中OSCC 的32个病人的T-N配对样本和对应的临床信息,并将其组成了一个名为m...[作者空间]
链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3523709...[作者空间]
【基本流程】Bismark—Methylkit—Genomation—GO/KEGG 只求自己记得 如果有人搜到了...[作者空间]
1.1 我们要将上游处理得到的the methylation call files转换为methylKit这个R包...[作者空间]
一、介绍 首先声明，本文注重流程的梳理和生物学意义的解答，具体软件的原理和参数的运用请参照MethPipe软件手册...[作者空间]
肝内胆管细胞癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，iCCA）是指起源于二级胆管及其分...[作者空间]
使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域 一个背景 哺乳动物基因组CpG位点通常集中在称为CpG岛（CpG is...[作者空间]
![[R]甲基化③来自R包ChAMP维护者的ChAMP学习资料（Ch](https://img.haomeiwen.com/is1203538/d790b2c127e900f3.png)
1.甲基化①ChAMP帮助文档译[上]-甲基化分析流程(The Chip Analysis Methylation...[作者空间]
DSS (Dispersion Shrinkage for Sequencing data)，为基于高通量测序数据...[作者空间]
