前面那个帖子我们讲了如何提取monocle2的结果，然后利用pheatmap自己可以进行多方位的美化。今天我们测试...[作者空间]

日常瞎掰   最近在分析scRNA-seq的数据，三个样本数据不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下载公共数...[作者空间]

前言 说到对单细胞亚群进行定义，那对很多分析单细胞数据的小伙伴来说都是最头疼的事情之一了。因为定义细胞的正确与否直...[作者空间]

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列 今天的目标就是: 将第一列barco...[作者空间]

我在前面也分享过几篇关于WGCNA的帖子，其实WGCNA本身就是对基因进行了加权共表达，合理分组的结果。 如果对于...[作者空间]

作者，Evil Genius 新年伊始，刚上班的你是不是还有假期综合征？但是很多研究者很早就投入了科学研究，不得不...[作者空间]

Seurat依旧是单细胞分析的利器，也有越来越的的单细胞分析工具基于python开发。在数据分析时，有时需要将se...[作者空间]

前言 Immugent在之前的一篇推文：SCPA（一）：揭示两群细胞通路差异的优化流程[https://mp.we...[作者空间]

本文的思路是通过单细胞数据分析识别了某种免疫细胞特有的marker基因，然后利用这些基因进行预后模型的构建。事实上...[作者空间]

最近有小伙伴问道如下的文献图，简单明了的一种细胞一列进行marker gene表达展示。这个图其实就是展示了平均的...[作者空间]

继续上面MetaNeighbor 1的学习，我们做第二个测试数据，第二组场景的测试。 ========测试数据2=...[作者空间]

导读 前面我们已经确定了我们想要的簇，我们可以继续进行标记识别，这将使我们能够验证某些簇的身份并帮助推测任何未知簇...[作者空间]

一、scRNAseq和Mass cytometry揭示小鼠动脉粥样硬化免疫图谱 1. Single-Cell Tr...[作者空间]

和CellphoneDB不同之处在于重点在受体下游基因\pathway激活情况来看配体的活性 NicheNet c...[作者空间]

今年1月份发表在Cell Death Dis (IF: 9.685)上的文章 1. Danger signal e...[作者空间]

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5...[作者空间]

卞修武老师去年发的文章，板板让我学习一下～ 1. Transcriptomic and proteomic ana...[作者空间]

1. Time series analysis of single-cell RNA sequencing dat...[作者空间]

在单细胞测序揭示心梗后的心脏免疫动态变化[https://www.jianshu.com/p/c504379007...[作者空间]

作者，Evil Genius 周一了，这一篇我们来讨论关于单细胞 + ATAC多样本、多组学整合分析的方法。 分两...[作者空间]