肿瘤微环境(TME)的异质性是阻碍抗癌治疗成功的核心问题之一。了解TME组装的空间结构对于发现肿瘤发生机制和设计新...[作者空间]
Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱 Whalen, S., Sc...[作者空间]
2.2章 有序分类logistic回归 即 等级资料 有可能把等级资料转换成二分类资料就转换,否则只能...[作者空间]
前言 录屏软件是一种你虽然不会时刻在用,但是需要到的时候却不知从何下手的工具。该选择哪款录屏工具?当我们从各种平台...[作者空间]
现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP...[作者空间]
Cancer-related Data Resources ArrayMap URL http://www....[作者空间]
背景:2019年中卫大会、CHIMA等官方主流大会针对近几年医院大数据建设试点的困局,又出了更加详细的大数据建设指...[作者空间]
chip-seq 参考的资料-三个链接 总结目录 一不小心就把ChIP-seq数据分析教程给写完了 一个系列第10...[作者空间]
接着上篇继续练习,前一篇文章里已经把PBMC按照4个时间点分了群,接下来就是差异分析了。本次使用monocle进行...[作者空间]
概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架(图1)。 图1:典型的scRNA-seq分析流程的示意图。每个阶...[作者空间]
本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR...[作者空间]
(一)RPKM标准化这一部分要练习的是RPKM的标准化,因为在这篇文献上传的两个矩阵,一个是原始矩阵,一个是RPK...[作者空间]
加载到表达矩阵,分组,生存情况 切割数据组 方法一:完全随机切割 方法二:recipes包,切割数据,可以保证分组...[作者空间]
今天给大家带来的文献是一篇关于PD-L1免疫治疗的综述译文。 PD-L1在人类肿瘤中频繁表达,与免疫细胞上的PD-...[作者空间]
WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达数据,构...[作者空间]
G:profiler 包括四个主要的工具:g:GOSt 是一个对目标进行富集分析的工具。其他三个:g:Conver...[作者空间]
一个失败案例,不要点进来 GSE2034 topGO 1. DEG 1.1 下载GEO数据 1.2 表达矩阵 be...[作者空间]
加载并处理数据 针对临床资料某一因素,如年龄,性别等进行生存分析,并画图 针对基因的生存分析:方法一:挑选感兴趣的...[作者空间]
最基本的例子 标题 热图的大小 热图之间的空隙 基于主要的热图自动调整 主要热图的设置 注释部分的调整 热图和注释...[作者空间]
原文英文链接:ChIP-Seq Workflow Template作者:Daniela Cassol (danie...[作者空间]