一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用...[作者空间]
不同于windows，linux查看硬盘剩余多少空间，是通过命令查看。 Linux磁盘管理常用三个命令为df、du...[作者空间]
有人可能会说：单细胞分析使用Seurat，monocle等R包会更加方便。但是实际分析中,测试情况是当细胞量大于5...[作者空间]
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把...[作者空间]
加载datafram格式的rnacounts数据 添加分组信息 合并annadata对象[作者空间]
本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat 对象的构建和信息提取。 目前构建Seurat对象有以下几种方法： ...[作者空间]
第七节：空间转录组分析 在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。10X Visium平台的空间转录组数据...[作者空间]
单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e8...[作者空间]
hello，大家好，抓住这一周最后的小尾巴，给大家汇总一下我们单细胞数据寻找差异基因的22种方法，之前我分享的一篇...[作者空间]
练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Car...[作者空间]
AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞...[作者空间]
Monocle3和Monocle2并没有本质上的区别，只是把降维图从DDRTree改成了UMAP。原因可能是包的作...[作者空间]
单细胞空间转录组和单细胞分析类似，不可避免的会遇到多样本的问题，这就需要使用多样本整合分析策略Seurat提供了多...[作者空间]
在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时...[作者空间]
DoRothEA是一种包含转录因子（TF）与其靶标相互作用的基因集资源。一个TF及其对应靶点的集合被定义为调节子（...[作者空间]
单细胞测序数据也可以做gsea，步骤跟用RNAseq的数据差不多，主要是要用到差异基因并且根据Fold chang...[作者空间]
刘小泽写于2020.7.19为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐...[作者空间]
