链接: 包括哪些流程? 链接:https://nf-co.re/pipelines nascent :Nascen...[作者空间]
拿到数据后通常需要使用FastQC软件进行质控,认识原始测序数据(fastq data)并查看数据质量怎么样。通过...[作者空间]
慢慢练。记录笔记。这个得到结果很慢,写的不简练从stringtie生成的gtf文件中提取fpkm值。并且将相同基因...[作者空间]
本文首发于博客 喜欢科比的球迷应该熟悉这个词,mamba(曼巴)是科比的绰号,同时曼巴也是眼镜蛇的一种,黑曼巴是世...[作者空间]
写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG...[作者空间]
前言 在各个行业都是有行业标准的,这样才能统一规范而方便后面的分析,在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释...[作者空间]
这期的BBQ继续,我们来持续关注转录本的分析! 我们在上期的BBQ(BBQ(生物信息基础问题35,36):RN...[作者空间]
在一年前,我写过一篇文章,叫做如何从BAM文件中提取fastq,之前也发现了从BAM里面提取Fastq是有些麻烦,...[作者空间]
知识的学习没有一蹴而就,没有捷近,扎实的学习是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的综述,全面而详细!深度好文...[作者空间]
3大数据库超2万RNA-seq数据重新统一处理 各种大型计划产出的RNA-seq数据资源已经非常丰富了,但是大家都...[作者空间]
续上回WGCNA的代码实战https://www.jianshu.com/p/9a03a35cabf3,这回把WG...[作者空间]
htseq-count计数的相关内容前面在不同的学习阶段写过两次,分别是合并htseq-count的结果得到cou...[作者空间]
参考自生信技能树:https://github.com/shenmengyuan/RNA_seq_Biotrain...[作者空间]
以Illumina测序仪说明二代测序的一般流程: (1)文库制备 将DNA用雾化或超声波随机片段化成几百碱基或更短...[作者空间]
刘小泽写于19.2.21或许这还是个比较常用的需求 我们做转录组分析,得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存...[作者空间]
随着测序成本的不断下降,转录组测序分析已然成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。 但是,对于大多数初学者来说,会...[作者空间]
刘小泽写于19.2.9转录本定量一般有两种方式,一个是基于比对定量(如RSEM、eXpress);另一种是不基于比...[作者空间]
该脚本适用于featureCounts数counts后的cpm和tpm计算 setwd("~/Desktop")#...[作者空间]
参考文章http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342计算FPKM值,...[作者空间]
1. 寻找软件所在的镜像 用conda安装软件的标准语法格式为: 其中-c这个参数很重要,通过它来指定软件下载的镜...[作者空间]