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conda软件安装的进阶操作

conda软件安装的进阶操作

作者: UnderStorm | 来源:发表于2019-01-10 17:55 被阅读220次

    1. 寻找软件所在的镜像

    用conda安装软件的标准语法格式为:

    $ conda install -c <channel> <software>
    

    其中-c这个参数很重要,通过它来指定软件下载的镜像位置

    对于我们这些生物信息学的从业人员来说,最常用的channel(这里可以理解成镜像)就是bioconda了,如果想要安装生物信息学,一般都会先到 bioconda官网 上找一找自己想要的软件在不在bioconda的官方镜像的列表中

    这里以搜索BWA为例

    如果软件正好在bioconda官方镜像里,万事大吉,直接用下面的命令安装就可以了

    $ conda install -c bioconda bwa
    

    如果你已经将bioconda这个channel加到自己的默认channel列表中,则不指定-c参数也可以

    但是如果你要的软件不在bioconda中怎么办?

    这时你可以通过执行 anaconda search -t <software>来列出保存目标软件的所有官方镜像

    比如,如果你要安装CNVnator(这是一个安装过程神级坑的软件),它就不在bioconda中,执行

    $ anaconda search -t cnvnator
    
    得到的检索结果如下:
    
    Using binstar api site https://api.anaconda.org
    Run 'anaconda show <USER/PACKAGE>' to get more details:
    Packages:
         Name                      |  Version | Package Types   | Platforms
         ------------------------- |   ------ | --------------- | ---------------
         pwwang/cnvnator           |    0.3.3 | conda           | linux-64
                                              : a tool for CNV discovery and genotyping from depth-of-coverage by mapped reads
    Found 1 packages
    

    通过上面的检索结果我们就知道目前只有唯一一个保存CNVnator的conda镜像,为pwwang,这是就可以通过指定刚才找到的镜像完成软件的安装了:

    $ conda install -c pwwang cnvnator
    

    2. conda中的Python与系统自带的Python打架

    在你安装完conda(不论是Anaconda还是Miniconda),它会自带安装对应的Python版本,而你的系统原先也安装了Python,这时两个来源两个版本的Python会发生冲突,使得你新安装的conda运行报错,比如简单地运行 conda list,会出现以下一长串的报错信息:

    Error processing line 1 of /usr/local/lib/python2.7/site-packages/matplotlib-2.1.2-py2.7-nspkg.pth:
    
    Fatal Python error: initsite: Failed to import the site module
    Traceback (most recent call last):
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/site.py", line 168, in addpackage
        exec(line)
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/importlib/util.py", line 14, in <module>
        from contextlib import contextmanager
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/contextlib.py", line 5, in <module>
        from collections import deque
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/collections/__init__.py", line 27, in <module>
        from reprlib import recursive_repr as _recursive_repr
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/reprlib/__init__.py", line 7, in <module>
        raise ImportError('This package should not be accessible on Python 3. '
    ImportError: This package should not be accessible on Python 3. Either you are trying to run from the python-future src folder or your installation of python-future is corrupted.
    
    During handling of the above exception, another exception occurred:
    
    Traceback (most recent call last):
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/site.py", line 73, in <module>
        __boot()
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/site.py", line 47, in __boot
        addsitedir(item)
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/site.py", line 207, in addsitedir
        addpackage(sitedir, name, known_paths)
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/site.py", line 178, in addpackage
        import traceback
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/traceback.py", line 3, in <module>
        import collections
      File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/collections/__init__.py", line 27, in <module>
        from reprlib import recursive_repr as _recursive_repr
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/reprlib/__init__.py", line 7, in <module>
        raise ImportError('This package should not be accessible on Python 3. '
    ImportError: This package should not be accessible on Python 3. Either you are trying to run from the python-future src folder or your installation of python-future is corrupted.
    

    仔细阅读上面的报错信息,你会发现这就是系统的Python和conda里的Python冲突了(我喜欢称这种现象为掐架、打架),这也是conda这个软件安装神器在给你带来方便的同时带来的副产品:它会污染你的环境变量

    遇到两个Python环境冲突的情况,我一般的解决情况就是,关闭系统的Python,即将系统的Python路径从我的环境变量中删除

    $ export PYTHONPATH=''
    

    再执行conda list就不会再报错了

    3. 软件太大老是下载中断

    在用conda安装软件的过程中还会经常遇到的一个问题,就是:

    我要下载一个软件,conda会告诉我这个软件底层依赖好几个其他的软件,需要将它们一起下载安装,这个时候这一大堆软件中可能有几个体量很大,上百MB,很容易下着下着网络连接就中断了,而conda有没有断点下载功能,一旦下载中断,conda就会终止安装进程退出运行

    这个时候你可以尝试通过 wget 把那几个很大的软件的安装包下到本地,然后把它们移到conda的默认安装包下载路径下,这样再执行conda install时,就会跳过这几个软件的下载过程

    conda的默认安装包下载保存路径为:miniconda3/pkgs

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