GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9...[作者空间]
前期准备,生成vcf格式 1.把突变记录的vcf文件区分成 INDEL和SNP条目 2.统计INDEL和SNP条目...[作者空间]
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程,并提供了基本的命令,用到的软件包括BWA、samtools、gatk、...[作者空间]
1、GWAS4D 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 2、SNPnexus ...[作者空间]
参考文章:http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/http...[作者空间]
这是我根据之前的WGS系列和GATK4实践文章进行重新梳理之后确定下来的分析流程,这是一个WGS的最佳实践,它基于...[作者空间]