mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用:通过对多个表型相似的GWAS summ...[作者空间]
介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析,软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqm...[作者空间]
官方网站:https://itol.embl.de/[https://itol.embl.de/] ITOL是In...[作者空间]
在上一步确定好候选区间后,需要找到候选区间内的基因,即候选区间和参考基因组取交集,用到的工具是bedtools。 ...[作者空间]
目前针对QTL分析有很多软件,比如Plink、 Merlin、R/qtl、FastMap等等,今天给大家分享一下如...[作者空间]
你要经常提醒自己,脑子的容量是有限的,多装一些有意思的东西,而不是生活中一些无所谓的东西。 总结下,3.4跑步了,...[作者空间]
系统学习下BOLT-LMM的软件手册, 1 概述 BOLT-LMM软件包目前由两种主要算法组成,即用于混合模型关联...[作者空间]
LDSC:连锁不平衡回归分析 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)[https://cloud.t...[作者空间]
(15条消息) GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第四篇,MLM模型中如何手动计算PVE?_邓飞----育...[作者空间]
原文链接:全基因组关联分析数据分析流程 | Boer's Notebook (chipcui.top)[https...[作者空间]
GWAS分析基本流程及分析思路[https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/1012...[作者空间]
https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11803311.html 全基因组关联...[作者空间]
基本概念 连锁不平衡(LD,linkage disequilibrium)是指 不同基因座(loci)的等位基因(...[作者空间]
ylim 表示纵坐标范围,col 为颜色,logP表示是否取log10负数,ylab 表示是否要纵坐标名称。 下面...[作者空间]
主要参考自:Hail | GWAS Tutorial[https://hail.is/docs/0.2/tutor...[作者空间]
NC文章的全基因组部分,关于GWAS的一些图本来不想复现,但是看到近期很多文章包括单细胞总是会挖掘GWAS用于自己...[作者空间]
EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为,...[作者空间]
常用的显著性阈值确定方法是:Bonferroni correction = 显著性水平(0.01/0.05)/检验...[作者空间]
要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,...[作者空间]
精确的表型检测是关联分析的关键,GWAS对数量性状和质量性状都适用。 1.各类性状的特点及鉴定与考察建议 2.表型...[作者空间]