今天开始将要介绍qiime2的使用。qiime2虽然和qiime1只差了一个数字，但是两者之间的差异很大，Qiim...[作者空间]
HUMAnN2是由Huttenhower组发布的，基于全基因组测序数据用于计算基因丰度的软件。本节我们要用其对PI...[作者空间]
16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给...[作者空间]
今天我们要来介绍在16S分析中经常用到的另一个在线分析工具LEfSe。该工具是由Huttenhower小组开发的，...[作者空间]
在之前我们已经介绍了Alpha、Beta、物种分类、差异性等一系列的分析，本节我们要介绍一个命令，打包了之前所有的...[作者空间]
你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和met...[作者空间]
机器学习是一种目前流行且使用的生物信息分析方法。本节我们将基于菌群的丰度利用机器学习的方法建立分类器，对样本进行分...[作者空间]
本节就要进入更为关键的分析流程了——菌群组成的分析。进行16S测序的目的就是为了研究不同样本间的菌群组成差异，本节...[作者空间]
本节我们介绍Beta多样性的分析。 Beta多样性 分析微生物的Beta多样性可以直接使用Qiime1中的beta...[作者空间]
本节我们将介绍Alpha多样性如何分析，具体包括三部分的内容：Alpha稀释曲线、计算比较Alpha多样性的差异、...[作者空间]
本节开始我们将讲解如何进一步分析OTU表。 我们可以从多个角度、层面对OTU表进行分析。首先可以从Alpha多样性...[作者空间]
终于回来继续写了。本节讲解一下对OTU表的一些基本处理，提取生成你所需要的OTU表。 查看OTU表的count数 ...[作者空间]
本节介绍如何生成OTU。生成OTU的方法一共有三类：De novo,Closed-reference,Open-r...[作者空间]
由于在我们使用qiime1进行分析的过程中会使用到一些包含了多个脚本的命令，为了更改不同脚本的参数，我们会使用参数...[作者空间]
Mapping文件是分析过程中频繁使用到的一个文件，你的分析过程的难易程度在一定程度上取决于你的Mapping文件...[作者空间]
安装qiime1之前，我们先通过这张流程图简单了解一下Qiime分析流程。另外，因为我使用的macOS系统，所以主...[作者空间]
倒腾学习了一段时间的qiime1和qiime2，决定苦心整理一下学习成果。虽然不知道啥时候才能更完。 Overvi...[作者空间]
