Qiime1-4.准备参数文件

由于在我们使用qiime1进行分析的过程中会使用到一些包含了多个脚本的命令，为了更改不同脚本的参数，我们会使用参数文件（Parameters file），包括更改统计方法，绘图时某一组的颜色等等。

例子

针对一些步骤，我们不想使用默认参数，所以我们需要生成一个参数文件修改参数。下面的代码会生成一个16S_pickotu_param.txt的参数文件。

## This will output a text file to whichever your directory you're currently working in
## so be sure you know where you are saving the file!

# Enable reverse strand matching for uclust so that it double checks both sequence possibilities.
echo "pick_otus:enable_rev_strand_match True" >> 16S_pickotu_param.txt

# Change to program to RDP for assigning taxnomy of the OTU's instead of uclust 
echo "assign_taxonomy:assignment_method rdp" >> 16S_pickotu_param.txt

# Change to confidence to 0.5 in the RDP classifer
echo "assign_taxonomy:confidence 0.5" >> 16S_pickotu_param.txt

最后的txt文件如下：

具体的格式：
涉及的脚本名称+:+参数全称+空格+具体参数
以assign_taxonomy:assignment_method rdp为例
可以在qiime1的官网上搜索到assign_taxonomy.py的具体参数（http://qiime.org/scripts/assign_taxonomy.html）

assign_taxonomy.py

-m, --assignment_method
Taxon assignment method, must be one of rdp, blast, rtax, mothur, uclust, sortmerna [default: uclust]

发现其中有一个参数时设置分类器，默认的事uclust，我们想使用rdp分类器。那就可以在参数文件中输入这个脚本的名称，然后加上冒号，接着输入这个参数的全称+空格+rdp。

如果想修改其他参数，可以在qiime1的官网搜索根据需要修改或者使用命令 -h查看。