背景：qiime artifact 是用于存储qiime2的输入输出以及相关的元数据，并提供结果是如何产生的信息，...[作者空间]
直接通过conda安装prokka 直接使用prokka进行基因注释 最后的输出结果： 可以查看得到的gff文件是...[作者空间]
在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组...[作者空间]
1.进行群落组成分析 mkdir taxa_sum_plotsummarize_taxa_through_plot...[作者空间]
原文：https://www.sohu.com/a/270075112_99971433[https://www....[作者空间]
16S rDNA测序及宏基因组测序都是研究微生物的重要方法，那么问题来了：这两者到底有什么区别呢?什么情况下需要做...[作者空间]
简介 曼哈顿图(Manhattan Plot)本质上是散点图，一般用于展示大量非零的波动数据，散点在y轴的高度突出...[作者空间]
1. 下载 / 训练 物种注释分类器 或者 2.物种注释 gg-13-8-99-515-806-nb-classi...[作者空间]
Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是...[作者空间]
官网： https://docs.qiime2.org/2019.7/ 参考过的几篇笔记： https://www...[作者空间]
写在前面：扩增子在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用，像繁琐的PCR一样（虽然有说明书告诉你引物...[作者空间]
1.上Genome Announcements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号 现在用SRR920...[作者空间]
一、获取SRA号 登录Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/），搜...[作者空间]
主要内容 1.实验设计和研究目的定制策略 2.统计分析内容的事先计划 3.样品的采集、保存、提取（良好结果的前提）...[作者空间]
一.细菌基因组下载 1.登陆Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/...[作者空间]
文章简介 微生物组的热度已经持续几年了，目前热度依旧不减，感觉肠道微生物是一个可以影响机体任何地方的东西，有人称它...[作者空间]
在qiime2中进行任何数据分析的第一步永远是将数据导入qiime2并储存为qiime对象(.qza)。qiime...[作者空间]
导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差...[作者空间]
导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性...[作者空间]
导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将...[作者空间]
