针对SARS-CoV-2变体的广泛反应性抗体可以通过深度学习生成。一个基于反向卷积神经网络（ACNN）的深度学习框...[作者空间]
一开始用ImmuneACCESS上急性期（AC）的数据（是CD8+的），和NG文献（Emerson，NG文献）的数...[作者空间]
开始调scale_pos_weight 调阈值好像没什么进步 选择n_estimators（学习曲线） 这来表示在...[作者空间]
加了正态分布后模型好了很多 Ytrain和Ytest是dataframe，因为可以to.csv,但是datafra...[作者空间]
Show training and testing data Check performance on testi...[作者空间]
文献学习：Diferentiation of intestinal tuberculosis and Crohn’...[作者空间]
想根据4个组的香农多样性作一个这样对比的柱状图 但是vdjtools的CalcDiversityStats只能算的...[作者空间]
零、CDR3差异 CDR3数目 CDR3种类 CDR3长度 一、PCA 1.1 dot plot 可见健康组（H）...[作者空间]
将样本合并为一组后，得到的结果如下图。因为把一组的所有样本都合并了以后（选择count大于2），一个excel的大...[作者空间]
观察到减少的特征向量可以解释为ni试验中的ki成功的二项式对，来处理“表型负担”，只要ki远少于表型相关TCRβs...[作者空间]
文献解读：有了表型相关TCRβs目录后，通过将该目录与受试者中观察到的TCRβs列表进行比较，来量化受试者TCRβ...[作者空间]
一、Identification of CMV-associated TCRs 对于受试者训练数据中出现的至少为2...[作者空间]
翻找之前的笔记发现我忘记上传之前做出来298个样本分组后的趋势，是immunarch的basic analysis...[作者空间]
回顾：上周工作中，算是找到了组间特异的Gene usage，但聚类不成功，解决方向是提取出组内特异的CDR3序列，...[作者空间]
本周工作安排：1、得到健康人的免疫组库测序数据。2、Gene usage、聚类、Diversity图3、用高频CD...[作者空间]
下周工作安排：1、拿到健康人的免疫组库测序数据，要能与新冠病人的进行对比，并可用于immunarch包的分析。2、...[作者空间]
下周工作安排1、老师认为8位病人样本太少，其差异不具有统计学意义，故忽略在单个病人中三期的变化，将剩下86人的数据...[作者空间]
从COVID-19-ISB数据库的157个样本出发。观察sample_name得知，命名的一些规则 “001、00...[作者空间]
在ImmuneAccess这个网站，首先找到病人信息（标签）的表格。 筛选“covid_category”这一列，...[作者空间]
