在转录组数据与参考基因组进行比对后，得到sam文件，后续分析需要将sam转换为bam，这里用到的工具是SAMtoo...[作者空间]
之前使用gblocks裁剪比对序列，感觉裁剪的不是很智能，大量可能有用的序列被裁剪掉，所以尝试使用trimal。 ...[作者空间]
最近一篇NG中使用到的软件，用来去除冗余的contigs，现简单记录。 CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件，其主...[作者空间]
1.orthofinder介绍 OrthoFinder是一种快速、准确和全面的比较基因组学分析工具。它可以找到直系...[作者空间]
一：软件安装 二：程序运行 1.wgd mcl鉴定基因组内的同源基因 输出文件夹里面有两个文件： *.tsv: B...[作者空间]
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，...[作者空间]
做生信分析的小伙伴们，相信大家对bam文件都不陌生，但具体到如何get到bam文件提供给我们的信息，却少有人真...[作者空间]
上一步我们已经获得了我们用来构树的同源基因集，这里就用这些基因构建系统发育树。我们所需的单拷贝基因和对应的每个Or...[作者空间]
常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，据说fastp更快，而且一次完成质控过滤和出图。fas...[作者空间]
OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件：直系同源组、直系同源、基因树、物种...[作者空间]
测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp r...[作者空间]
1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用...[作者空间]
刘小泽写于19.2.19 之前得到转录本的时候，我们使用TrinityStats.pl Trinity.fasta...[作者空间]
GFF3格式 发表于 2013 年 5 月 22 日 GFF3的官方介绍：Generic Feature Form...[作者空间]
在第二节中，我们采用了Trinity工具做了转录组数据的拼接，我一共是6个样本6个G的数据量，在我那个设置下跑了接...[作者空间]
BUSCO组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy ...[作者空间]
