常见组蛋白修饰的ChIP-seq数据，使用macs2分析时会面临一个问题，peak的峰形到底是narrowPeak还是broadPeak？基于现有的经验，目前一些常见组蛋...[作者空间]
写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块，但是都只是介绍了常规的分析流程...[作者空间]
ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。C...[作者空间]
motifmatchr的作用就是分析众多的序列和众多的motifs, 从中找到哪个序列包含哪个motif. 它的核...[作者空间]
JasParhttp://jaspardev.genereg.net/[http://jaspardev.gene...[作者空间]
前言 说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢...[作者空间]
deeptols 画图工具 使用方法与代码[https://blog.csdn.net/weixin_511920...[作者空间]
隔了这么长时间终于开始更新基因家族的第2篇文档了，绘制motif分析图。以往做这类分析都是通过TBtools此款软...[作者空间]
因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。 对于差异的peak我依旧用...[作者空间]
上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（Cell Stem C...[作者空间]
今天介绍和测试这款关联ChIP-seq、RNA-seq分析软件，BETA（Binding and Expressi...[作者空间]
在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/...[作者空间]
在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以...[作者空间]
链接来源 一切版权来源参考链接：此处只是用来记录和不能出去的情况。 Tutorial: Normalization...[作者空间]
欢迎关注”生信修炼手册”! 通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为...[作者空间]
欢迎关注”生信修炼手册”! homer软件集成了许多的功能，包括peak calling, peak注释，moti...[作者空间]
欢迎关注”生信修炼手册”! PeakAnalyzer是一款经典的peak注释软件，由PeakSplitter和Pe...[作者空间]
欢迎关注”生信修炼手册”! GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了...[作者空间]
欢迎关注”生信修炼手册”! UROPA是一个命令行工具，可以对基因组区域进行注释，这里的基因组区域要求是BED格式...[作者空间]
