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UROPA是一个命令行工具,可以对基因组区域进行注释,这里的基因组区域要求是BED格式,比如chip,ATAC_seq等数据产生的peak区间。同时需要提供一个GTF格式的基因组注释信息,比如从UCSC,ensemble,ncbi等数据库下载的参考基因组文件。在注释结果中不仅给出了peak在基因组中的定位,还会给出对应的正负链,与基因的距离,对应的基因类型等较为全面的注释信息。官方文档网址如下
https://uropa-manual.readthedocs.io/introduction.html
该软件根据peak的中心与基因的相对位置,将peak的基因组定位划分为以下几种类型,示意如下
提供了多种安装方式,这里我采用的是直接拉取官方的docker镜像,用法如下
docker pull loosolab/uropa
该软件需要三个输入文件:
-
GTF格式的注释文件
-
BED格式的peak文件
-
JSON格式的配置文件
用法也比较简便, 我使用官方的是测试数据,步骤如下
1. 下载GTF格式的基因组注释文件
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz
2.下载bed格式的peak区间文件
wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF966LMJ/@@download/ENCFF966LMJ.bed.gz
gunzip ENCFF966LMJ.bed.gz
3. 准备JSON格式的配置文件
配置文件内容如下
{
"queries": [
{"feature":"gene", "distance":5000, "feature.anchor": "start", "show.attributes":"gene_name"},
{"feature": "gene","distance":5000, "feature.anchor":"center"}],
"priority" : "False",
"gtf": "/home/soft/uropa/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf",
"bed": "/home/soft/research/uropa/ENCFF966LMJ.bed"
}
配置文件命名为config.json, 代码如下
docker run \
--rm \
-v /home:/home \
loosolab/uropa \
uropa \
-i /home/soft/uropa/config.json
\-p /home/soft/uropa/uropa
-i
参数指定配置文件的路径,-p
指定输出文件的前缀。输出文件如下
├── uropa_allhits.txt
├── uropa_besthits.txt
└── uropa_finalhits.txt
这三个文件内容相同,只是行数不同,内容示意如下
软件会自动给每一个peak一个id, 可以直观的看到peak与基因之间的关系,更多用法和细节请参考官方文档。
·end·
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