转自:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/11169...[作者空间]
写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了,相关脚本、教程也很多,但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间...[作者空间]
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑...[作者空间]
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑...[作者空间]
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑...[作者空间]
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑...[作者空间]
hic数据经过Hic-pro处理后,会生成allvalidpairs文件,这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的...[作者空间]
目前处理Hi-c数据的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相对来说更好用一些,因为更加流程化一些。...[作者空间]
Tips: 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章...[作者空间]
HiC质控和fastqc有一些类似 HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C(Capture Hi-C,CHi...[作者空间]
Arrowhead(https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Arrowhe...[作者空间]
Insulation Score是由dekker实验室开发的,软件路径(https://github.com/de...[作者空间]
The Point: Background Hi‑C provides a true all‑by‑all gen...[作者空间]
一.数据标准化 1. HiCNorm http://www.people.fas.harvard.edu/~jun...[作者空间]
因为很久没用HiCPlotter,而且之前软件也进行过更新,在再次运行相关命令时,提示以下错误: ImportEr...[作者空间]
Zcat Zcat是一个命令行实用程序,用于查看压缩文件的内容,而无需对其进行解压缩。它将压缩文件扩展为标准输出,...[作者空间]
1.DomainCaller 【任兵-densenty】 http://yuelab.org/hi-c/ 2.in...[作者空间]
首先下载juicer后,另建一个juicer-work的文件夹,juicer-work里面各个文件夹的位置要放对,...[作者空间]