CNV(Copy number variation, 拷贝数变异),也称CNP(copy—number polym...[作者空间]
常见问题: 1)Seurat CCA整合分析后什么情况下用RNAassay,什么时候用intergratedass...[作者空间]
如何区分肿瘤微环境中的正常细胞和恶性细胞,相信是每个肿瘤单细胞研究者非常关注的问题。这儿我们介绍两个单细胞CNV分...[作者空间]
做差异分析需要的数据:表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了,因为其TCGA的样本ID比较特殊,样本I...[作者空间]
这样读取gtf文件回比直接使用read.table()好,因为生成的dataframe能够比较清楚地分开,并且有t...[作者空间]
参考:生信会客厅 harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值(embedding),一般使用PCA...[作者空间]
Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化,并且这一个函数可以代替三个函数(N...[作者空间]
1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集,它...[作者空间]
The BED format is a concise and flexible way to represent...[作者空间]
1、三大相关系数 1.1 Pearson相关系数 要理解Pearson相关系数,首先要理解协方差(Covarian...[作者空间]
p值矫正算法:https://www.sohu.com/a/129836640_655370https://www...[作者空间]
CHETAH包简介 CHETAH(CHaracterization of cEll Types Aided by ...[作者空间]
基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步,edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据,将对...[作者空间]
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-...[作者空间]
原文链接(可关注公众号微生态与微进化索取示例数据): 层次聚类与聚类树 比较聚类:我该划分多少个聚类簇? 聚类分析...[作者空间]
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Bioconductor是什么? Bioconductor是一个专门做生信R包的平台,可以把它看成一个R工具包管理...[作者空间]
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