非人灵长类动物（NHP）是人类的近亲，为宿主-微生物互作的研究提供了一个很好的例子。近年来研究主要集中在野生灵长类...[作者空间]
在使用Docker 下载镜像时，如果不配置镜像加速，下载镜像会比较慢，因为国内从 DockerHub 拉取镜像有时...[作者空间]
本想着写一篇介绍论文中各种类型图表的推送，但是着笔介绍时又觉得不如一起绘图吧！各类学术图表都万变不离其宗，以图的形...[作者空间]
前面，我们仔细学习了Alpha多样性的一些常见指数，今天我们尝试用R来计算这些常用指数。 library(vega...[作者空间]
Docker 是 Golang 编写的， 自 2013 年推出以来，受到越来越多的开发者的关注。如果你关注最新的技...[作者空间]
前面一个帖子我们学习了画基本的PCA图形，但是是二维的，今天我们学习绘制三维的，因为在有些paper中看到作者放的...[作者空间]
桑基图，其实我用的不太多。最近常见还是在分析单细胞数据的时候，展示细胞通讯用的比较多的一种类型的图。例如下面一张就...[作者空间]
纵向微生物组研究可以捕捉微生物组内的时间变化，以获得对微生物系统的机理认识。近日，《Briefings in Bi...[作者空间]
Genomic structure predicts metabolite dynamics in microbi...[作者空间]
R Markdown 是Markdown在R中的延伸。除了具备一般Markdown 语法功能之外，最关键的是可以在...[作者空间]
论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a...[作者空间]
论文 Microbiome differential abundance methods produce diff...[作者空间]
文章标题：Towards the biogeography of prokaryotic genes[https:...[作者空间]
Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序...[作者空间]
今天分享另外一个最近学习的一个画图的小技巧。 说到网络图的绘制，大家可能首先想到的是Cytoscape，它在生物学...[作者空间]
热图（heatmap）在生信领域基本就是常规操作，基本技能，入门操作。能画热图的工具也有很多，我自己常用的R包是p...[作者空间]
adonis文档：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/ve...[作者空间]
前面写了16S rDNA进化树[https://www.jianshu.com/p/1738195eb1aa]。关...[作者空间]
你有菌群注释文件，却没有基因组信息时，做不了进化树。似乎有的软化可以根据taxonomy注释文件做树，graphl...[作者空间]
