R: taxonomy txt转nwk

你有菌群注释文件，却没有基因组信息时，做不了进化树。似乎有的软化可以根据taxonomy注释文件做树，graphlan, krone可能吧，没用过。R makeNewick函数可以直接将菌群taxonomy文本文件转为nwk文件。

1 你的输入

这是常规的注释信息，tab分割，但是不需要header

2 安装依赖

新版的R 4.0.3没装成功，R 3成功了，多版本多份选择

# R version 3.6.3 (2020-02-29)
install.packages("taxonomizr")
library("taxonomizr")

3 make nwk

要点：
as.matrix(read.table()) 读取
cat() 保存文本文件

taxa = as.matrix(read.table("taxon.txt"))
out = makeNewick(taxa)
cat(out, file="taxon.nwk")

虽然已经时nwk，但此此时ggtree read.tree还读取不了，怎么办？
意外发现figtree可以修复这种bug！！！！

4 下载安装使用figtree

官网：http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
github下载地址：https://github.com/rambaut/figtree/releases

figtree读取tree.nwk，再导出tree_fig.nwk，此非彼

5 ggtree读取

## R version 4.0.3
library("ggtree")
tree = read.tree("taxon_fig.nwk")
tb = fortify(tree)

一个正常的树文件表

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