本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断...[作者空间]
OrthoMCL介绍 1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins（比...[作者空间]
本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmse...[作者空间]
https://github.com/lh3/seqtk[https://github.com/lh3/seqtk][作者空间]
导读 下载、安装、使用MCScanX分析NCBI taxonomy上下载的两个梭菌基因组共线性情况。共线性又称同线...[作者空间]
导读 venn可以分析不同数据集的交集，另外使用R语言UpSet函数包upset函数绘制集合图可以更清晰的展示不同...[作者空间]
导读 这是一篇来自Briefings in Bioinformatics 2018的综述。该综述比较了宏基因组宏转...[作者空间]
导读 利用R语言DESeq2函数包deseq函数分析两组间细菌丰度的差异，寻找组间abs(log2FoldChan...[作者空间]
研究背景 维恩图（Venn diagram），也称韦恩图、文氏图、温氏图，是利用集合分类的原理将特定的数据进行分类...[作者空间]
导读 Nature Protocols 2012的方法，学习转录组分析。 文献：Differential gene...[作者空间]
MCScanX一般是做基因组之间的共线性 一、MCScanX安装 MCScanX官网http://chibba.p...[作者空间]
NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.n...[作者空间]
根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。 常用的数据库： Nr：NCBI官方非...[作者空间]
一、测序数据的准备 新建工作目录，RNASeq-analysis mkdirRNASeq-analysiscdRN...[作者空间]
摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基...[作者空间]
今天发现含有argparser这个R包的代码用不了了，经过多方排查，发现之前的argparser这个包是0.4版本...[作者空间]
导读 用R软件corr.test函数进行两组数组的相关性分析，用Cytoscape绘制相关网络图。 一、输入数据 ...[作者空间]
什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分...[作者空间]
因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是...[作者空间]
