导读

venn可以分析不同数据集的交集，另外使用R语言UpSet函数包upset函数绘制集合图可以更清晰的展示不同数据集的交集情况。

下载，加载包

install.packages("UpSetR")
library(UpSetR)

一、输入数据

input = list(
    set1 = paste(rep("word_" , 10) , sample(c(1:100) , 10 , replace=F) , sep=""),
    set2 = paste(rep("word_" , 20) , sample(c(1:100) , 20 , replace=F) , sep=""),
    set3 = paste(rep("word_" , 10) , sample(c(1:100) , 10 , replace=F) , sep=""),
    set4 = paste(rep("word_" , 40) , sample(c(1:100) , 40 , replace=F) , sep=""),
    set5 = paste(rep("word_" , 50) , sample(c(1:100) , 50 , replace=F) , sep=""))

二、集合图-基础

upset(fromList(input))

三、集合图-参数调整

1 修改排序、坐标系、标签等参数

upset(fromList(input), 
      order.by = "freq",  # 主坐标系排序
      number.angles = 0,  # 柱标倾角
      point.size = 3,  # 点大小
      line.size = 1,  # 线粗细
      mainbar.y.label = "Count of Intersection",  # y 标题
      sets.x.label = "Datasets Size",  # x 标题
      text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),
      # y 标题 大小
      # y 刻度标签 大小
      # dataset size 标题 大小
      # dataset size 刻度标签 大小
      # dataset size 分类标签 大小
      # 柱数字 大小
     )

2 按数据集排序

upset(fromList(input), 
      order.by = "freq",  # 主坐标系排序
      number.angles = 0,  # 柱标倾角
      point.size = 3,  # 点大小
      line.size = 1,  # 线粗细
      mainbar.y.label = "Count of Intersection",  # y 标题
      sets.x.label = "Datasets Size",  # x 标题
      text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),
      # y 标题 大小
      # y 刻度标签 大小
      # dataset size 标题 大小
      # dataset size 刻度标签 大小
      # dataset size 分类标签 大小
      # 柱数字 大小
      group.by = "sets",  # 按dataset排序
     )

四、指定交集上色

upset(fromList(input), 
      order.by = "freq",  # 主坐标系排序
      number.angles = 0,  # 柱标倾角
      point.size = 3,  # 点大小
      line.size = 1,  # 线粗细
      mainbar.y.label = "Count of Intersection",  # y 标题
      sets.x.label = "Datasets Size",  # x 标题
      text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),
      # y 标题 大小
      # y 刻度标签 大小
      # dataset size 标题 大小
      # dataset size 刻度标签 大小
      # dataset size 分类标签 大小
      # 柱数字 大小
      group.by = "sets",  # 按dataset排序
      queries = list(
          list(query=intersects, params=list("set4", "set5"), color="red", active=T),
          list(query=intersects, params=list("set2", "set5"), color="blue", active=T))
      # active T 柱染色 F 柱上标记
     )

参考：
https://www.jianshu.com/p/324aae3d5ea4
https://zhuanlan.zhihu.com/p/35303590
https://mp.weixin.qq.com/s/y4aDZoSOzjWERNAO6CcNbw