参考文章:1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包(二)2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化...[作者空间]
继续上一篇笔记,这一个视频讲的是对表达矩阵进行各种的探索,所以视频的名称就叫“了解你的表达矩阵”,视频地址是:ht...[作者空间]
上一篇笔记记录了如何下载芯片数据(GEO数据库视频学习笔记(芯片数据下载和数据读取)),这篇笔记继续跟着视频学习,...[作者空间]
之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这...[作者空间]
注:本文全文摘选自知乎:fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自动化质控+过滤+校正+预处理软件 1引言 ...[作者空间]
unique R语言unique(){base}可以用于单个列表去重复,但不适用与数据集。 duplicated ...[作者空间]
1.GEPIA2 GEPIA服务器已经运行了两年,为来自42个国家的约11万名用户处理了约28万份分析请求。GEP...[作者空间]
参考来源:生信菜鸟团 一、简介 肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划由...[作者空间]
续上一节从官网上下载TCGA数据 https://www.jianshu.com/p/406bcb11411c,我...[作者空间]
不知从TCGA下了多少次数据了,每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来 TAT本次以肝癌数据为例操作...[作者空间]
这个步骤推荐在R里面做,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以走走edgeR...[作者空间]