很多朋友问是如何保持阅读量的,其实,大部分是之前的存货。有一部分是每有会意,把之前的旧书拿出来再翻一翻,做个导图放...[作者空间]
本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用cluste...[作者空间]
转录因子(Transcription factors, TFs)作为转录调控的重要组成部分,鉴定、分类和注释转录因...[作者空间]
今天来给大家分享的是:怎么一行命令完成RNAseq数据差异分析+火山图+散点图。 一、准备3个文件: 1、基因表达...[作者空间]
1、什么情况下用RNAseq RNAseq是一种高通量测序技术。它可以帮助我们理解在各种比较条件下,所有基因的表达...[作者空间]
目的 一个新的物种(没有参考基因组)用Trinity从头组装得到的转录本fasta文件,需要将其转换成gtf文件 ...[作者空间]
献给初学者:手把手教你在线预测蛋白质结构I TASSER算是比较好的华人教授开发的一个预测软件,在线可以直接分析。...[作者空间]
Differentially-Expressed Gene Analysis clp 12 June, 2020 ...[作者空间]
写在前面 做基因功能的人都会特别注意基因上有什么功能结构域,通常我们认为,结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测...[作者空间]
图来自: 需要注意的是DNA双链,只是部分区段是正义链,部分是反义链。换另一个区段可能完全相反。 以下部分内容是搬...[作者空间]
参考: 孟浩巍的知乎zhn 第10题 读懂FastQC报告之adapter与kmer Hello大家好! 我们又见...[作者空间]
mRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal! 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的...[作者空间]
参考文献:Transcript-level expression analysis of RNA-seq expe...[作者空间]
目标 BSgeome自己有很多构建好的基因组,但是对于非模物种来说,有时候我们需要自己构建基因组的信息。如何根据物...[作者空间]
下载参考基因组所需的三个文件:1.基因组序列(genome.fa); 2.基因注释文件(genes.gtf);3....[作者空间]
序列的多比对情况大家都懂,因为NGS时代,序列都很短,也就是50-250bp范围,而且参考基因组本来就是会有很多低...[作者空间]
Edirect是非常有用的工具其使用要用来perl,mac都预先安装了perl安装的时候最好按下面进行打开终端 显...[作者空间]
时隔一周,再次挑战:::之前一直没有装上DESeq2、airway、tximportData 和 tximport...[作者空间]
参考:RNA-Seq基因差异表达分析实战Dawn_天鹏简书RNA_seq(1)植物转录组实战(上)之salmon进...[作者空间]
trimmomatic是一款用来处理illumina测序数据的工具,可以是单条的single reads,也可以是...[作者空间]