序列的多比对情况大家都懂,因为NGS时代,序列都很短,也就是50-250bp范围,而且参考基因组本来就是会有很多低...
hisat2 构建索引 hisat2 比对 hisat2 比对软件将 reads 比对到参考基因组[https:/...
一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并...
比对软件:hisat2 比对率至少70% 饱和性曲线:20M reads数据量即可检测到80%数据量碱基数目:...
建立索引 序列比对 --readFilesIn :paired reads文件--outSAMtype :表示输出...
当用hisat2比对会报错 在网上搜索是因为文件里的reads双端不一样长,检查文件也没有问题 解决方法:用bwa比对
本节概览:hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtool...
把read比对到基因组之后,需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对...
做完比对后,最直接的一个问题就是想知道:你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域,有多少reads比对上特定...
前期准备: 统计共多少条reads(pair-end reads这里算一条)参与了比对参考基因组 统计共有多少种比...
本文标题:hisat2会对多比对的reads随机输出一条吗?
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