一些单细胞转录组R包的对象 ExpressionSet Bioconductor的ExpressionSet是基石...[作者空间]
scRNA-seq数据分析想必大家都比较熟悉了，自2014年nature biotechnology提出单细胞拟时...[作者空间]
说明：仅根据官网指南加个人理解，相应图片参考官网（目前官网上最新的Tutorial已经更新成Seurat3.0版本...[作者空间]
先说我的态度。 最快的捷径就是没有捷径，踏踏实实搞学问 我一直相信慢工出细活（当然我写推文都不怎么想回头检查错别字...[作者空间]
该聚类方法名为SC3（Single-Cell Consensus Clustering） 该方法本质上就是K-me...[作者空间]
该文章主要整理自珠穆拉玛峰的文章《从拉普拉斯矩阵说到谱聚类》，添加了少部分个人理解的文字和公式推导 该文章同步发表...[作者空间]
这周每天都起的很早，大概5:30就醒了，然后打开学习强国会看电影者纪录片。看完了《感动中国·2018》、《家蚕育种...[作者空间]
实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据 1、下载Cellranger及其参考数据 https...[作者空间]
单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为...[作者空间]
上期我们讲了使用Seurat分析单个样本，那么2个或多个样本的分析会有哪些不同呢？单细胞转录组数据中一个重要的问题...[作者空间]
Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https:/...[作者空间]
pseudotime 比较不同pseudoytime分析工具 在许多情况下，我们都在研究细胞不断变化的过程。例如，...[作者空间]
DE 比较不同的DE分析工具 bulk RNA-seq，现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR。对单细胞测序...[作者空间]
cluster 不同聚类方法比较 normmlization，去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的矩阵的聚...[作者空间]
feature selection 比较不同feature selection方法 单细胞转录组测序的确可以一次性...[作者空间]
normalize 比较不同normalization方法 normalization目的是消除混杂因素的影响，这...[作者空间]
单细胞转录组测序--闲言碎语 时代发展的步伐总是毫不留情的将你甩在身后，连车尾灯都看不见。当你还在沉迷于普通转录组...[作者空间]
Every cell is unique—it occupies an exclusive position in...[作者空间]
欢迎关注公众号：oddxix单细胞mRNA测序一直是科学家关注的一个热点。目前市场主要有2种建库方法，分别是Clo...[作者空间]
