2019-03-01

实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据

1、下载Cellranger及其参考数据

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

1）

点击Download - Linux 64-bit – 955 MB下载到电脑中，文件名为cellranger -3.0.2.tar，将其导入zhuqh的shell的/home/zhuqh/data/zhaolp/project/HCA/cellranger的目录中，使用命令tar -xvf cellranger -3.0.2.tar将其解包。

2）

点击.Download – 11 GB下载到电脑中，文件名为refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz，将其导入

2. 下载Seurat

https://satijalab.org/seurat/install.html#development

点击 CRAN

选择下载Windows binaries中的r-release版本

3. 下载HCA数据

https://preview.data.humancellatlas.org/