富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如GO富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素...[作者空间]
学习目标 了解如何在归一化过程中列出不同的 uninteresting factors(无关因素) 了解常用的归一...[作者空间]
介绍 RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还...[作者空间]
1. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索...[作者空间]
本节概览：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取...[作者空间]
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly expla...[作者空间]
拿着一个DEGs的list和基因functional annotation竟然没有找到简单的脚本一健生成Go或者K...[作者空间]
PS：如果你需要本教程的练习代码和文档，可以在公众号回复“20220122”即可获得。 前言： 今早看到一篇博文，...[作者空间]
为什么需要标准化 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差：测序深度和基因长度。 #测序深度：一个片段测了几遍 #...[作者空间]
相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做...[作者空间]
差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图...[作者空间]
转录组是指细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和。转录组测序（Transcriptome sequenci...[作者空间]
现UCSC xena已经将TCGA数据汇总整理得很好了，连表达矩阵都已转换完成。但如果有心就会发现，UCSC上的R...[作者空间]
在网上下载了txt文件，是rpkm，但是基因id中的名称搜索不到匹配内容。 试一下用r注释：https://www...[作者空间]
在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它...[作者空间]
Aspera用法如下： 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 Ste...[作者空间]
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI ...[作者空间]
安装 使用 下载稍微有点麻烦，应该是需要科学上网，自己有时候还找不到下载地址；以上安装和使用方法是自己第一次尝试安...[作者空间]
从安装软件到富集分析，完整流程链接整理： RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具 RN...[作者空间]
How to download All Sra data At Once SRA: Sequence Read ...[作者空间]
