FPKM：Fragments Per Kilobase of exon model per Million map...[作者空间]

前言 在各种RNA测序数据中，我们几乎都避不开差异表达基因（DEGs）的分析。我们可以用气泡图，提琴图和热图等展示...[作者空间]

对基因counts进行校正定量一般有RPKM、FPKM 、TPM和CPM这几种方法，StatQuest网站中对RP...[作者空间]

最近想要可视化样本间的相关性，但又不满足于常规的相关性热图。因此，就注意到GGally包中的ggpairs函数，可...[作者空间]

前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种...[作者空间]

1、质量控制： 合并质控结果 Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基 2、比对到参考基因组(hisat2) ...[作者空间]

前段时间送去测序的实验数据拿回来了，然后做完比对之后发现unique_reads比对率不够理想，确保分析数据...[作者空间]

整理高通量测序中使用的软件。 比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进...[作者空间]

整理高通量测序中使用的软件。 samtools是常用的对sam/bam文件操作的工具，其中samtools vie...[作者空间]

我们今天来推荐一款非常好用的Venn绘图工具：jvenn,以下是该网页工具的摘要： jvenn 我们今天来推荐一款...[作者空间]

问题描述 近期在使用clusterProfiler的GO/KEGG富集结果进行绘图时，注意到一些条目的描述过于长，...[作者空间]

可变剪切画图 创建一个python=2.7的环境 进入环境 下载作图软件 根据rmats结果提取想要的基因 第一种...[作者空间]

在高通量测序数据的分析中，仅仅靠raw read counts描述基因的表达量是远远不够的。受限于测序过程中的技术...[作者空间]

经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模...[作者空间]

每个版本都有Python2和Python3的版本，这里我们选择python2的版本，对目前大多数软件可用https...[作者空间]

知识的学习没有一蹴而就，没有捷近，扎实的学习是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文...[作者空间]

前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Tra...[作者空间]