samtools sort & index

整理高通量测序中使用的软件。

比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进一步处理，例如在IGV查看比对结果时，常需要输入的bam文件已经被index。因此，本文将介绍samtools sort和samtools index命令。

samtools sort

假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序

samtools sort -@ 8 test.bam -o test.sorted.bam

samtools index

对排序好的bam文件，可以通过以下命令进行index（注意只能对排序过的文件进行index）

samtools index -@ 8 test.sorted.bam

默认在当前文件夹产生*.bai的index文件

对samtools 的介绍到此告一段落，以后有需要再来更新。

ref
samtools sort manual: http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html
samtools index manual: http://www.htslib.org/doc/samtools-index.html
samtools Tutorial: http://quinlanlab.org/tutorials/samtools/samtools.html

完。