部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入...[作者空间]
写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间...[作者空间]
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑...[作者空间]
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轨迹推断，顾名思义是推断细胞分化状态的一种方法，然而现行的轨迹推断的方法都不能将周期纳入其中，但是总会有人这样想，...[作者空间]
主成分分析（Principal Component Analysis, PCA），是一种非监督机器学习算法，主要应...[作者空间]
目前有多种方法可以进行RNA velocity的分析： scVelo（参考文章：单细胞转录组数据分析|| scVe...[作者空间]
基因组组装相关软件 abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、...[作者空间]
SingleR包简介 SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动...[作者空间]
介绍 恶性实体瘤组织不仅包括肿瘤细胞，还包括与肿瘤相关的正常上皮和基质细胞，免疫细胞和血管细胞。基质细胞被认为在肿...[作者空间]
2020年3月26日，浙江大学郭国骥团队在nature发表了人类单细胞水平的细胞景观。鉴定了60种人体组织样品涵盖...[作者空间]
什么？！按照转录组筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致？ 转录组测序（RNA-seq）将细胞...[作者空间]
在单细胞RNAseq数据可能进行的许多类型的分析中，是对假定的细胞间通信的评估。celltalker试图通过寻找已...[作者空间]
上一篇文章深入学习了Monocle2包，这次来继续学习Seurat包。Seurat官方网站：https://sat...[作者空间]
一个很大的矩阵， 320127 行, 8189列，假如用一个全为0的普通矩阵来存储，需要用到9.8Gb 这里的0...[作者空间]
