phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视...[作者空间]
1. 构建样本文件清单 sample.txt (注：以制表符分割) 2. 导入文件的QIIME2命令 注：如果导入...[作者空间]
扩增子测序是分析环境微生物的常见手段，通常使用的是16s rRNA片段。16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类...[作者空间]
背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaff...[作者空间]
导读 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by ...[作者空间]
Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是...[作者空间]
目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度，一种是基于比对，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比...[作者空间]
12年有篇BMC的文献对几款预测的软件做了评估，其实参考大多数的文献中最常见的俩个软件也就是Prodigal和Me...[作者空间]
昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。软件需求：blast，diamond...[作者空间]
导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用...[作者空间]
导读 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多变量线性回归...[作者空间]
导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差...[作者空间]
导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性...[作者空间]
导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将...[作者空间]
流程 1.安装与启动 2.文件准备 （1）Metadata fileshttps://docs.qiime2.or...[作者空间]
扩增子一站式分析平台QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接档QIIME1 极简操...[作者空间]
一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引 1.参考：https://ucdavis-bioinf...[作者空间]
功能注释 需要faa蛋白序列，prodigal的pep就是蛋白序列 1.BLAST数据库注释 1. blast 需...[作者空间]
