前言 pathview是一个通路可视化友好的R包,最主要的是它支持多组学数据映射(基因/蛋白-代谢)。自己用过它的...[作者空间]
ggsci是R中的一个包,提供了一系列颜色给ggplot2调色。里面包括了一些知名杂志期刊或者软件(甚至是知名科幻...[作者空间]
1. 简介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析,也称主分量分析或主成...[作者空间]
用别人的数据,发自己的文章 由于大多数杂志在文章发表前要求公开数据,所以随着测序文章的爆发,NCBI的SRA数据库...[作者空间]
网页上关于GSEA富集分析的教程很多,对自己这个生信小白来说比较简单通俗易懂的当数生信宝典和生信技能树的教程了。感...[作者空间]
使用gtex数据库找组织特异性表达基因 组织特异性表达基因在单细胞领域应用比较广泛,毕竟一下子好几千个细胞的表达量...[作者空间]
DAVID数据库 简介 DAVID (the Database for Annotation,Visualizat...[作者空间]
对生信分析中得到的一些基因,进行KEGG富集分析,达到对基因进行注释和分类的目的。 本文利用R语言的ggplot2...[作者空间]
这是个导航帖,可以有效解决芯片分析的大部分问题。内容抵得上一个GEO的培训班。 首先用20%的精力解决80%的分析...[作者空间]
《Epidermal Growth Factor Receptor Activation: An Upstream...[作者空间]
介绍 生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以...[作者空间]
获得平台探针注释信息 这个probe矩阵里就有详细的探针信息啦~其中第15行是gene_symbol,接下来会用到...[作者空间]
作者:白介素2 从前面几讲的数据下载,预处理,再到差异分析,功能富集分析一整套的分析流程已经分享完了。这些内容基本...[作者空间]
FGNet介绍 FGNet(Functional Gene Networks derived from bio...[作者空间]
今天再为大家介绍3个gene id转换工具,希望除了biomart之外还可以有”备胎”可用。 UniPort 关于...[作者空间]
芯片分析里面有一个比较困难的地方就是探针的注释,其实我们之前的帖子已经把各种不同的情况解决的差不多该了。除了使用R...[作者空间]
昨天我们讲到,GEO芯片只有两组,如何做差异分析,以及如何避免差异分析的结果完全相反的情况。GEO芯片分析中的大坑...[作者空间]
存储在Gene Expression Omnibus(GEO)和Sequence Read Archive(SRA...[作者空间]
写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG...[作者空间]
看到有人喷老大,说话很难听,看见了,忍下了,啥也没说,语言太苍白无力了,尤其像我这种微不足道的人说话更没有什么分量...[作者空间]