最近克隆启动子遇到了困难,经过多方打听,找到了一个合适的方法,进行记录。
目的:克隆2000bp的启动子序列。
第一步:
获得cds上游3000bp(记住,要大于2000bp)序列,可以理解为1000bp+promoter2000bp+cds,该大序列简称‘全长序列’
第二步:
对该序列进行引物设计,注意前引物位于1000bp,后引物位于cds区域
具体操作可以在snapgene中进行
1、将全长序列导入
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/1de1a601f5ce02b2.png)
点击下栏的sequence选项
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/c8296f9606ebcf92.png)
分别选中三部分,点击features,并对三部分序列进行标记和命名
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/4afc17e7db5285fb.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/47633271203dd0d1.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/46cd2175c1b94490.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/c556f567577acb8d.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/cc4c698534717a92.png)
2、分别在1000和cds区域设计引物
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/d48ad9cf9e6bee49.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/b4ff10b464761c61.png)
然后就会显示引物的位置
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/e8bd36ec03132dac.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/3ef49efe2beb8ab5.png)
可以模拟一下pcr
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/93c11dbc41570f04.png)
选择引物
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/baf66ab9d9598cb7.png)
点击PCR
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/27f3bb1dff1a5b45.png)
结果如下
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/691508ebc6fe2d0c.png)
就可以使用该引物对启动子进行粗提取
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/ee1da4474040eca3.png)
以上是第一次pcr
第三步
接下来进行启动子引物精细提取,和载体组装
1、 加载载体序列pLacZi-2µ和启动子序列
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/ce4914ff3da71bf9.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/b80921e8547c2dae.png)
2 、开始组装(在载体页面进行)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/a5013b385c4e8b60.png)
选择酶切位点,可以是双酶切,也可以是单酶切,我选的是单酶切
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/12e1ef5ee656ec63.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/1ea459db920d58e4.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/e7675f952c53b589.png)
组装完成
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/23c0e4e4053a38de.png)
使用该引物,以以上粗提取的产物为模板进行pcr
![](https://img.haomeiwen.com/i18952518/17cf2b319cdb88ac.png)
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